A Ordem
Órgãos Nacionais
A Ordem dispõe de órgãos próprios e a sua organização interna está sujeita ao princípio da separação de poderes. O conjunto dos órgãos nacionais aqui referidos contribui, dentro das suas competências específicas, para a melhor prossecução das atribuições da OM.
A Ordem dispõe de órgãos próprios e a sua organização interna está sujeita ao princípio da separação de poderes. O conjunto dos órgãos nacionais aqui referidos contribui, dentro das suas competências específicas, para a melhor prossecução das atribuições da OM.

Assembleia de Representantes
Órgão de competência genérica mais representativo da Ordem dos Médicos, é composto por membros eleitos por sufrágio universal, direto e secreto, e por listas, de acordo com o sistema de representação proporcional segundo o método de Hondt de todos os círculos eleitorais sub-regionais e das Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira.

Conselho Nacional
Órgão executivo por excelência é constituído pelo Bastonário, pelos Presidentes dos Conselhos Regionais, por um elemento designado de entre os seus membros por cada um desses mesmos conselhos e por dois membros propostos pelo Bastonário para nomeação pela Assembleia de Representantes.

Conselho Fiscal Nacional
O conselho fiscal nacional é constituído pelos presidentes dos conselhos fiscais regionais e por um Revisor Oficial de Contas, contratado pelo conselho nacional. O presidente do conselho fiscal nacional é eleito de entre os seus membros médicos.

Conselho de Supervisão
Órgão da Ordem com funções de supervisão, independente no exercício das suas funções, cujos membros são eleitos por sufrágio universal.
Conselho Nacional de Disciplina
O Conselho Nacional de Disciplina é um órgão jurisdicional da Ordem, com funções de supervisão e disciplina (competência disciplinar). Órgão de competência genérica, a nível nacional, eleito por listas em círculos eleitorais regionais (cinco membros por círculo eleitoral), com apuramento dos mandatos efetuado segundo o método de Hondt.

Conselho Nacional do Médico Interno
Órgão eleito pelos médicos internos cujas funções consistem na promoção de condições adequadas para ambientes que potenciem a aprendizagem dos médicos em formação em diferentes vertentes.
Colégios
São os órgãos técnicos consultivos por excelência. Eleitos pelos seus pares garantem (em conjunto com os conselhos nacionais consultivos e grupos de trabalho que são nomeados) a maior parte do contributo científico da Ordem dos Médicos. São os Colégios que garantem a qualidade da formação médica e analisam a idoneidade dos serviços para prestar essa mesma formação.