Reconhecendo a importância indicadores de desempenho – designadamente nas Unidades de Saúde Familiar – como uma das medidas da qualidade, o Bastonário da Ordem dos Médicos não pode deixar de frisar que não deve ser essa a principal fonte de análise do desempenho médico, o qual “deve ser avaliado, sobretudo pelo bem-estar do doente e pelos resultados em saúde e nunca pela poupança gerada”. “A remuneração pode estar indexada a resultados na saúde das pessoas”, mas “sem pressionar os médicos a não tratarem adequadamente os seus doentes”, tem defendido Carlos Cortes. A Ordem dos Médicos considera prejudicial para a qualidade dos cuidados de saúde que se associe remuneração ao número de atos praticados (meios de tratamento e diagnóstico utilizados, despesa com medicamentos, referenciação para a Urgência, etc.), além de que, uma abordagem dessa natureza, seria uma tentativa de intromissão na autonomia e independência técnica dos médicos e na relação destes com os seus doentes, sem que se vislumbre nenhum benefício efetivo para os cuidados de saúde. Para o Bastonário da Ordem dos Médicos, Carlos Cortes, “esta tentativa de reduzir os cuidados ao utente a um ato meramente mercantil é errada e mina a confiança das pessoas no SNS. Os médicos devem poder utilizar os meios técnicos ao seu dispor, de forma equilibrada, sem interferências e pressões externas, respeitando sempre as boas práticas médicas e as leges artis da profissão.”